Existuje mnoho infekčné choroby ktoré môžu byť spôsobené pneumokoky. Hlavnými z nich sú:
Dýchací systém (J00 - J99)
- Zápal pľúc (zápal pľúc)
- Rhinosinusitída - zápal nosa a prínosových dutín.
- zápal dutín (zápal paranazálne dutiny).
- Tracheobronchitída - zápal priedušnice a priedušiek.
Oči a očné prívesky (H00 - H59).
- vred serpens rohovky (vred rohovky).
Kardiovaskulárny systém (I00 - I99)
- endokarditída (zápal vnútornej steny srdce).
- Perikarditída (zápal osrdcovníka)
ústa, pažerák (pažerák), žalúdoka črevá (K00-K67; K90-K93).
- zápal slepého čreva („Zápal slepého čreva“).
- Peritonitída („zápal pobrušnice“)
Uši - mastoidný proces (H60-H95)
- mastoiditida (zápal mastoidného procesu).
- Otitis media (zápal stredného ucha)
Psychika - nervový systém (F00-F99; G00-G99)
Genitourinárny systém (obličky, močové cesty - reprodukčné orgány) (N00 - N99).
Diferenciálne možno zvážiť aj ďalšie bakteriálne a vírusové infekcie:
- Bakteriálne patogény
- Chlamydia
- Haemophilus influenzae
- Moraxella catarrhalis
- Mykoplazma
- Vírusové patogény
- adenovírusy
- Ľudské koronavírusy (OC43, 229E)
- Chrípkové vírusy
- Paramyxovírusy (i. W. RS vírus)
- Pikornavírusy (najmä rinovírusy).
