Nedostatok kyseliny alfa-linolénovej vedie k zníženej premene na kyselina eikosapentaenová (EPA), ako aj kyselina dokosahexaenová (DHA). Môžu sa teda vyskytnúť zmeny v zložení bunkových membrán, ako aj zvýšené zápalové reakcie. Môžu sa vyskytnúť nasledujúce príznaky nedostatku: Zhoršené videnie, zhoršené videnie hojenie rán, koža a zápal pokožky hlavy, neurologické poruchy ako napr depresiaa svalová slabosť.
