Pretože melatonín sa primárne metabolizuje prostredníctvom CYP1A enzýmy, môže interagovať s drogy ktoré sú tiež metabolizované alebo inhibujú CYP1A.
Medzi inhibítory CYP1A patria estrogény vo forme antikoncepčné a hormonálna substitučná terapia (HER) alebo antidepresívum fluvoxamín. Súčasné použitie melatonín s inhibítormi CYP1A vedie k prebytku melatonínu. Nikotín zneužívanie zase znižuje melatonín úrovniach.
