Nasledujúce príznaky a ťažkosti môžu naznačovať japonskú encefalitídu:
- mierny chrípka-ako choroba - vo väčšine prípadov.
Meningoencefalitída* (výskyt: 1 z 250 infekcií).
- Okolo každých 250. prípadov infekcie.
- vysoký horúčka, zvyčajne 10 dní.
- Všeobecný pocit choroby
- Cefalgia (bolesť hlavy)
- Nevoľnosť / zvracanie
- Porucha vedomia
- Záchvaty
- Poruchy reflexu
- Zmätok
- Zmeny správania
- Tras (trasenie)
- Paréza (motorická paralýza)
- Poruchy chôdze
- Kóma
* Kombinované zápal mozgu (encefalitída) a meninges (zápal mozgových blán) Letalita (úmrtnosť v pomere k celkovému počtu ľudí trpiacich týmto ochorením) pri postihnutí CNS je 30 - 35%. U detí a starších ľudí je pravdepodobnejšie, že sa s ochorením nakazia závažnejšie.
