Typické oblasti gastroenterologickej liečby zahŕňajú:
- Refluxná choroba
- Žalúdočný vred
- Cirhóza pečene
- žltačka (napr. pri hepatitíde)
- chronické zápalové ochorenia čriev (ulcerózna kolitída, Crohnova choroba)
- funkčné poruchy tráviaceho traktu (ako je dráždivý žalúdok, dráždivé črevo)
- rakoviny tráviaceho traktu (ako je rakovina žalúdka, rakovina hrubého čreva)
Na diagnostiku takýchto ochorení gastroenterológ používa rôzne vyšetrovacie metódy. Ide predovšetkým o ultrazvukové vyšetrenie brušnej dutiny a tiež endoskopické výkony ako gastroskopia (gastroskopia), kolonoskopia (kolonoskopia) a laparoskopia (laparoskopia). V prípade potreby je možné počas endoskopie vykonať aj menšie zákroky. Gastroenterológ môže napríklad odobrať vzorky tkaniva (biopsiu), odstrániť črevné polypy alebo rozšíriť zúžené žlčové cesty.