Sínusová arytmia je zvyčajne fyziologický a nie je viesť na sekundárne choroby. Avšak vo veľmi zriedkavých prípadoch môžu z dôvodu príčiny nastať nasledujúce choroby alebo komplikácie sínusová arytmia.
Kardiovaskulárny systém (I00-I99).
- Infarkt myokardu (srdce útok).
- Náhla srdcová smrť (PHT)
- Skok do iného srdcového rytmu
Psychika - nervový systém (F00-F99; G00-G99)
- úzkosť