Chondroitín sulfát (CS) je klasifikovaný ako člen glykozaminoglykánov (GAG), tiež známych ako mukopolysacharidy, ktoré sú vedľajšími uhľovodíkovými reťazcami, ktoré sú základnými zložkami proteoglykánov. Všetky glykozaminoglykány pozostávajú z 1,4-glykozidicky viazaných disacharidových jednotiek. V prípade chondroitínov kyselina sírová je pravidelne pripojený k kyslík or dusík atómy, takže zvyčajne reagujú silne kyslo. Chondroitín sulfáty A a C sú zložené z kyseliny glukurónovej a N-acetyl-D-galaktozamínu. Chondroitín sulfát B má podobnú štruktúru. Je známy ako dermatansulfát alebo beta-heparín z kyseliny L-idurónovej a NAG-4-sulfátu.
Na jednej strane, chondroitín sulfát vstupuje do tela potravou. Nachádza sa v mäse a morských živočíchoch, najmä v mušliach a ustriciach. Na druhej strane sa glykozaminoglykán môže vytvárať v tele samotnom. Endogénna syntéza vyžaduje glukosamín síran, výhodný substrát pre biosyntézu glykozaminoglykánov. Chondroitín sulfáty, ako živočíšne proteoglykány, sú vo veľkej miere zabudované do chrupavka tkanivá a tak predstavujú hlavné medzibunkové zložky spojivové tkanivo, chrupavka a kosť. Možno ich však nájsť aj v koža a telesný hlien.
Technicky sa chondroitín sulfáty zvykli získavať zo žralokov chrupavkaa neskôr aj z bovinných a ošípaných tracheidov.
